In Campania sequenziate 156 varianti Covid in due anni dal Tigem di Pozzuoli
In Campania identificate 156 varianti del Sars-CoV-2 in due anni, da quando è iniziata la pandemia della Covid19, comprese le varianti Alfa, Beta, Gamma, Delta e Omicron. Sono oltre 19mila i tamponi sequenziati geneticamente dal team di scienziati del Tigem, guidato dal professore Davide Cacchiarelli, e caricati sulla piattaforma Gisaid, secondo gli ultimi dati aggiornati al 12 gennaio scorso – pari al 70% di quelli della Regione Campania e ad un quinto di tutti i campioni italiani. Numeri che fanno dell’Istituto Telethon di Genetica e Medicina di Pozzuoli: il primo in Italia per sequenziamento di campioni di Sars-CoV-2. La ricerca sul Covid potrà aiutare anche quella sulle malattie genetiche rare.
Il professor Davide Cacchiarelli è responsabile del progetto di sequenziamento del virus del Covid-19 presso il Tigem, nonché professore di biologia molecolare all’Università Federico II di Napoli e responsabile del laboratorio di genomica integrata del Tigem. Il suo team scientifico è stato il primo a identificare le varianti Epsilon e Omicron sul territorio nazionale. “Inoltre – spiega il docente della Federico II – abbiamo identificato e caratterizzato una nuova variante nata proprio in Campania, che rappresenta un sottotipo della variante spagnola, responsabile della seconda ondata di infezioni in Europa nel novembre 2020”.
Cosa sono le varianti del Coronavirus e come si formano
Le varianti, spiega il Tigem, sono versioni differenti del virus causate dalla comparsa di mutazioni nel genoma, che nel caso del Sars-CoV-2 è costituito da RNA. A loro volta, le mutazioni sono variazioni della sequenza di “lettere” che compongono l’RNA del virus. “La nascita di varianti – spiega Cacchiarelli – è un processo assolutamente naturale della biologia del virus. Una volta infettata una cellula, il virus comincia a moltiplicarsi molto velocemente al suo interno. Durante ogni ciclo di moltiplicazione, però può accadere che si verifichino degli errori di copiatura della sequenza di RNA, un po’ come accade quando si copia molte volte un testo".
Questi errori sono appunto le mutazioni che caratterizzano le varianti”. La variante Omicron, quella più diffusa attualmente in Campania, è caratterizzata da una serie di mutazioni che nel complesso la rendono più efficace nella diffusione rispetto alla variante Delta. Per seguire queste dinamiche esistono in ogni paese dei sistemi di sorveglianza: in Italia, questo sistema è gestito dall’Istituto Superiore di Sanità, che raccoglie su una piattaforma dedicata (I-Co-Gen) i dati di sequenziamento forniti dalle regioni.
Come si sequenzia il Coronavirus in Campania
Esistono diversi metodi di sequenziamento. Al Tigem si lavora con un’apparecchiatura speciale chiamata appunto sequenziatore e con il cosiddetto Next Generation Sequencing (il sequenziamento di nuova generazione), una tecnologia ad alta processività che permette di analizzare in parallelo migliaia di frammenti di DNA.
Il processo inizia con la raccolta dei campioni: materiale genetico estratto dai tamponi effettuati nelle varie Asl della Regione Campania. Poiché la grande maggioranza dei sequenziatori lavora sul DNA, il primo passaggio è la conversione dell’RNA virale in DNA. Il DNA viene quindi suddiviso in una serie di frammenti da 200-300 lettere ciascuno, e ognuno di questi viene copiato migliaia di volte (ossia amplificato) in modo da avere sufficiente materiale a disposizione. Tutti questi frammenti vengono quindi caricati sul sequenziatore, insieme a reagenti che permettono di riconoscere e segnalare le diverse lettere (A, T, C e G). Recentemente il Distretto 2101 Campania di Rotary International ha donato al Tigem 3 apparecchiature per un valore totale di oltre 80 mila euro che consentiranno di ridurre da cinque minuti a 30 secondi i tempi di preparazione dei campioni.
Infine, la ‘lettura’ fatta dal sequenziatore viene inviata a un computer, per l’analisi dei dati. Per tutta la procedura, dalla preparazione dei campioni al report sui dati, occorrono dai quattro ai cinque giorni. L’ultimo passaggio è il caricamento dei dati sulla piattaforma nazionale di sorveglianza genomica (il sistema I-Co-Gen dell’Istituto superiore di sanità), oltre che sulla piattaforma internazionale Gisaid. La Campania sequenzia il 5% dei propri positivi, percentuale considerata idonea per studiare l'andamento della pandemia.
I vaccini riducono l’insorgere di varianti
“I vaccini – secondo Cacchiarelli – riducono la possibilità di trasmissione di nuove varianti, tanto è vero che le varianti più aggressive si sono sempre sviluppate in popolazioni non vaccinate. Pensiamo alla delta comparsa in India o alla omicron comparsa in Sudafrica, due paesi in cui il tasso di vaccinazione era – ed è tuttora – molto basso”. Covid sempre meno aggressivo? “La letalità del Covid è bassa – sostiene il professore – pari a meno dell’1 per cento. Un virus che uccide meno di uno dei suoi ospiti ogni 100 non corre il rischio di estinguersi. Per proteggerci dal virus non possiamo confidare in una sua presunta minore aggressività futura. Dobbiamo farlo con gli strumenti che abbiamo oggi a disposizione, a partire dai vaccini”.
